Se han descrito 2 clases de virus de inmunodeficiencia humana, el VIH 1 y 2. Pertenecen al grupo de los Lentivirus y a la familia de los Retrovirus. Estos utilizan la enzima transcriptasa reversa para producir DNA viral a partir de RNA. Tienen una gran variabilidad genética por lo cual se les ha dividido en varios grupos, si se detecta una diferencia de al menos un 20% o más, en las proteínas de su envoltura; clasificándolos en al menos 9 subtipos genéticos. En el caso del VIH 1 se definen dos grandes grupos filogenéticos el M y el O este último aislado en Camerún y del cual apenas comienza a hablarse de sub tipos. El M se subdivide en 10 sub tipos diferentes de la A, a la J. Tales variaciones se las ha asociado a su patogenicidad, virulencia e infectividad, prevalencia en grupos poblacionales.

El virus se acopla al receptor a través de la gp120 al CD4 y por la gp 41 a un correceptor perteneciente a una familia de los receptores de las C-C Quimioquinas (RANTES, MIP 1alfa, MlPIbeta), el CCR5 y al llamado receptor de Fusina o CXCR4. Mutaciones a nivel de este receptor o ausencia del mismo, así como gran producción de Quimioquinas confieren y han logrado explicar muchos casos de aparente resistencia a la infección por el VIH. Hay indicios de que nuevos mecanismos de infección en los macrófagos y células dendríticas foliculares, distintos a la vía del CD4 el correceptor de Fusina como el empleo de otros receptores de la misma familia de Quimioquinas y que serían utilizados diferencialmente por cepas del virus inductoras de sincitios o no y un tropismo especial hacia los macrófagos al utilizar el CCR5 y a los linfocitos T por el CXCR4. Existe una gran homología entre este tipo de receptores en los humanos y los Chimpancés.

La unión de la gp120, gp41 y el correceptor hace que se activen mecanismos de fosforilación de proteínas de membrana unidas a este complejo para que se invagine la membrana y se introduzca el virus, permitiendo la extrusión de su RNA y enzimas. Posteriormente la transcriptasa reversa sintetiza la primera copia de DNA viral y mediante la integrasa se incorpora al núcleo celular, pudiendo permanecer por años inactivo, para que posteriormente, cuando se active la célula por diferentes estímulos, dentro de los cuales y más estudiados hasta ahora están: IL1, TNF, IL6 y PMA se incremente su transcripción. Los anteriores factores, aumentan la producción de NFKB el cual se une a secuencias consenso de las regiones potenciadoras de la transcripción, del DNA viral incorporado a la célula. De ahí en adelante se realiza la transcripción del DNA y la traslación del RNA al retículo endoplásmico para que se comiencen a sintetizar las proteínas y enzimas del virus necesarias para su ensamblaje, tales como la proteasa, enzima muy importante en este proceso y blanco de las nuevas drogas. En este periodo el virus utiliza la maquinaria de la célula infectada, se ensambla en el citoplasma y se excreta de la célula por un proceso de gemación, recubriendo su cápside con la misma membrana celular, involucrando en este paso, proteínas del hospedero, tales como moléculas HLA. Las células susceptibles en mayor grado son los linfocitos CD4+, Macrófagos, células dendríticas y dendríticas foliculares (ganglios linfáticos) quienes también expresan aunque en menor cantidad la molécula CD4, siendo estas últimas verdaderos reservorios del virus. La producción diaria del virus se calcula en billones de partículas con una vida media de 2.6 días. En la medida en que el sistema inmune empieza a atacar el virus se comienzan a producir mutaciones genéticas y cuasi especies del inoculo original, correlacionándose con la gravedad de su enfermedad la carga viral y la capacidad de inducir sincitios.

Después de una viremia inicial fuerte con presencia serológica de la p24 y ACS contra la gp120 después de la ventana inmunológica (4-6 semanas después del contacto) el virus prácticamente es secuestrado en los ganglios linfáticos, durante esta fase también se observa una respuesta citotóxica fuerte con incremento de los CD8 circulantes. Durante este período es donde se produce el síndrome Retroviral agudo. El virus en forma paulatina y bajo gran cantidad de variables que influencian su progresión en períodos que van desde 1 a 14 años para que se declare la enfermedad, lentamente va deteriorando la arquitectura del ganglio destruyendo los folículos linfoides y sus células de memoria, células dendríticas foliculares, linfocitos T Ayudadores CD4+. Concomitantemente se produce un aumento progresivo de la carga viral disminución de los linfocitos CD4+ y toda una gama de alteraciones inmunológicas inducidas por el mismo virus y sus glicoproteínas al activar el sistema inmune del huésped, quien al tratar de limitar o eliminar la infección, incurre en una serie de alteraciones en su homeostasis que van desde Acs facilitadores, complejos inmunes, fenómenos de Autoinmunidad, Anergia, Tolerancia, Apoptosis celular, Citotoxicidad mediada por Acs, pérdida de las células de memoria, incapacidad de producir ciertas interleucinas primarias como la IL2 e IFN G, en la respuesta efectora y de sostenimiento de la inmunidad celular. Esto conlleva a una desviación hacia inmunidad de Th0 a Th2, producción aumentada de IL4, IL10, TNF, IL6, activación policlonal B e Hipergamaglobulinemia; fenómeno este que casi invariablemente se presenta.